1、图像质量不尽人意的原因
图像质量未能令人满意，原因众多。如果你能够排除照明不均匀或光阑设置不正确等错误的显微镜设置，接下来便是检查样品。如果样品没问题，检查样品载玻片和盖玻片，必要时予以清洁。如果你仍然无法查明质量降低的原因，而且所用的浸镜油正确无误，那么问题可能是显微镜本身存在污染物。
2、用户可以使用的组件
显微镜的一些组件，如滤色块和内部光学元件，应由生产商的专家负责清洁，用户切勿碰触。其他容易变脏的组件可由用户小心清洁，这些组件包括：
物镜前透镜
保护相机传感器的玻璃罩，可能还有传感器自身表面
聚光透镜
目镜透镜
所有其他可以自由接触的玻璃表面
3、定位污染物
首先，你应该准确找出污染物的准确位置。相机上的污垢容易辨认，因为旋转或移动相机时，图像中污垢的位置不改变。如果它的位置的确改变，那么污垢则位于其他部位。你也可以通过稍微转动物镜对其进行检查。检查显微镜的其他部件时，好是正确地观察它们。若条件允许，例如检查目镜时，我们建议在明亮均匀的背景前手持透镜进行观察。如果污染物随组件移动而移动，一般可以认为它位于该组件上。
4、清除污染物
污染物种类繁多。松动或非性污垢包括灰尘、皮肤碎屑或载玻片、盖玻片破碎时的玻璃碎片，等等。顽固污垢一般分为水溶性和溶剂可溶性类别。然而，在实践中，它通常是两者的混合物。
清洁显微镜的目的，当然是为了恢复完美的图像品质。因此，需要清除光学元件上的所有杂质，当然，不能损坏这些元件。问题是，清除特定类型污染物的途径是什么？一般情况下，首先，找出污垢并仔细检查。如果是污染较重，应当先清除松动的污垢，接着清除水溶性污垢，后轮到只能用溶剂清除的污垢。
5、用压缩空气清除浮尘，用清洗液清除固体污物
如果显微镜光学元件上只有浮尘，好是用压缩空气将其清除。这种方法特别温和，可防止光学元件损坏。一般而言，小的镜头吹气球足以产生所需的气流。当清除顽固污垢时，切勿使用产生摩擦的材料，如纸或超细纤维布，因为它们会损坏透镜表面，产生划痕。除了这点，切勿在顽固污垢干燥的情况下将其清除。另一个需要记住的关键点是，只可用纯溶剂、蒸馏水和洁净的工具。始终使用清洗液和合格的医用棉签或棉垫，以确保它们足够清洁，而且不含有任何杂质。应避免使用含铵溶剂。它们会损害显微镜光学元件的抗反射涂层，并造成性损坏。也不可以使用丙酮清洁，因为它会损害显微镜的塑料组件。
清除水溶性污垢有一种非常简单又温和的方法，好首先予以采纳。向污染物吹气，气息中的水蒸气可用于清洁。然后用脱脂棉从污垢中心向外打圈以擦拭污垢。这是更有效的污垢清除方法，可避免其在透镜上扩散。
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